Susunan Organisasi Kecamatan Batu Ampar dibentuk untuk mendukung pelaksanaan tugas pemerintahan, pelayanan publik, dan pemberdayaan masyarakat secara efektif dan terkoordinasi. Organisasi Kecamatan Batu Ampar dipimpin oleh seorang Camat yang bertanggung jawab atas penyelenggaraan pemerintahan di wilayah kecamatan serta menjadi koordinator berbagai kegiatan pemerintahan, pembangunan, dan pelayanan kepada masyarakat.
Dalam melaksanakan tugasnya, Camat dibantu oleh Sekretariat Kecamatan yang bertugas menyelenggarakan administrasi umum, perencanaan program, pengelolaan keuangan, serta urusan kepegawaian. Sekretariat terdiri atas Sub Bagian Perencanaan dan Keuangan yang menangani penyusunan program, anggaran, dan pelaporan, serta Sub Bagian Umum dan Kepegawaian yang mengelola administrasi perkantoran, perlengkapan, tata usaha, dan kepegawaian.
Selain Sekretariat, terdapat Seksi Tata Pemerintahan yang mempunyai tugas melaksanakan koordinasi, pembinaan, dan pengawasan penyelenggaraan pemerintahan desa maupun kelurahan serta mengelola berbagai urusan administrasi pemerintahan. Untuk menjaga stabilitas wilayah, Kecamatan Batu Ampar juga memiliki Seksi Ketenteraman dan Ketertiban Umum yang bertugas mengoordinasikan upaya pemeliharaan ketenteraman dan ketertiban masyarakat serta mendukung penegakan peraturan daerah dan peraturan kepala daerah di wilayah kecamatan.
Dalam bidang pemberdayaan masyarakat, terdapat Seksi Pemberdayaan Masyarakat dan Desa/Kelurahan yang berperan dalam membina, memfasilitasi, dan mendorong partisipasi masyarakat dalam pembangunan serta memperkuat kapasitas pemerintahan desa dan kelurahan. Sementara itu, Seksi Kemasyarakatan bertugas mengoordinasikan berbagai kegiatan sosial kemasyarakatan, termasuk bidang pendidikan, kesehatan, kepemudaan, olahraga, keagamaan, dan kegiatan sosial lainnya guna meningkatkan kesejahteraan masyarakat.
Untuk memberikan pelayanan kepada masyarakat, Kecamatan Batu Ampar memiliki Seksi Pelayanan yang menyelenggarakan berbagai pelayanan administrasi dan pelayanan publik sesuai dengan kewenangan kecamatan. Selain unsur-unsur tersebut, Kecamatan Batu Ampar juga didukung oleh Kelompok Jabatan Fungsional yang terdiri atas pegawai dengan keahlian dan keterampilan tertentu. Kelompok jabatan ini melaksanakan tugas sesuai bidang profesinya guna mendukung kelancaran penyelenggaraan tugas dan fungsi kecamatan secara profesional dan optimal.